新中國成立后,馮友蘭目睹了人們歡呼雀躍、奔走相告的熱烈景象，也看到了共產黨帶來的嶄新風氣。對比在國民黨統治下的坎坷教書生涯，馮友蘭更加堅定了對毛主席和中國共產黨的信心。
為了表示為新中國建設貢獻智慧的決心，馮友蘭在10月5日給毛主席寫了一封信。在信中，馮友蘭對之前講授封建哲學、幫了國民黨忙的做法深感愧疚，表示現在要改造思想，學習馬克思主義，準備在5年之內用馬克思主義的立場、觀點、方法，重新寫一部中國哲學史。
8天之后，毛主席給馮友蘭回了一封信。信中說：
收到毛主席的信后，馮友蘭既高興又疑惑。高興的是，毛主席百忙之中能這么快回信，充分體現了對知識分子的關心。疑惑的是，毛主席要他“總以采取老實態度為宜”，不知是何用意。直到30年后，馮友蘭才明白這句話的真正含義：
一直以來，毛主席對馮友蘭的著作都非常喜歡。每次出差前，毛主席都要帶上大量圖書。馮友蘭的《中國哲學史》，就是他隨身攜帶的一本。毛主席對馮友蘭的器重，可見一斑。
1957年，中國共產黨全國宣傳工作會議召開，馮友蘭應邀參加會議，并和毛主席分到了一組。之前，馮友蘭曾發表《論中國哲學遺產的繼承問題》一文,對“學而時習之，不亦說乎”發表了一些新議論。馮友蘭一進小組會場，毛主席就笑著走向他，一邊說“學而時習之,不亦說乎”，一邊和他握手。散會時，毛主席又拉著馮友蘭的手說：“好好地鳴吧，百家爭鳴，你就是一家嘛。你寫的東西我都看。”
1964年，馮友蘭在政協全國委員會上就他寫的《中國哲學史新編》作了一個發言，受到大會執行主席陳毅的贊揚。閉會那天，毛主席和中央其他領導同志接見與會人員并合影，馮友蘭恰好站在毛主席和劉少奇的座位背后的中間。毛主席就座時看到了馮友蘭，便拉著他的手說：“你的身體比我的身體好啊！”馮友蘭忙說：“主席比我大呀！”毛主席擺了擺手，說道：“不行了，我已經露出老態了。”接著，毛主席仔細詢問了馮友蘭《中國哲學史新編》的寫作進展情況，問道：“你的中國哲學史寫完以后，還要寫一部西方哲學史吧？”馮友蘭答道：“我只能寫中國的，寫西方哲學史的任務已經派給別人了。”毛主席說：“對于孔子，你和郭沫若是一派。”說到這里，周恩來向毛主席介紹馮友蘭說，這一次開會，他是三代同堂：“任芝銘任老是他的岳父，孫維世是任老的外孫女，是第三代。”毛主席高興地說道，“三代同堂，共議國家大事，好啊！”回到家中，毛主席親切的態度和誠懇的話語使馮友蘭心緒難平，他隨即寫下一首七律：
懷仁堂后百花香，浩蕩春風感眾芳。
舊史新編勞詢問，發言短語謝平章。
一門親屬傳佳話，兩派史論待衡量。
不向尊前悲老大，愿隨日月得余光。
詩中，馮友蘭把毛主席的關懷視為浩蕩春風，把共產黨比喻為“日月”，表達了愿意為人民奉獻出自己全部知識的愿望。
后來，馮友蘭被打成資產階級反動學術權威，還一度被“隔離審查”。1968年秋季時，馮友蘭就被允許回到自己家中。后來，馮友蘭才從一個友人口中得知，毛主席在一次中央會議上提到了自己和翦伯贊。毛主席說：“北京大學有一個馮友蘭，是講唯心主義哲學的。我們只懂得唯物主義，如果要想知道一點唯心主義，還得去找他。”
馮友蘭非常感謝毛主席對他的關懷，他滿懷感激之情給毛主席寫了一封信，表達感謝。當時，由于毛主席身體狀況不好，未能及時給馮友蘭回信。直到1971年5月，毛主席才派謝靜宜到馮友蘭家中拜訪，并委托謝靜宜向馮友蘭轉達自己的話。謝靜宜說，毛主席讓我告訴你，你寫給他的信，他看見了，謝謝你。馮友蘭不但很快被釋放，還受到毛主席派專人探望的待遇。想到這里，馮友蘭再也克制不住感情，又給毛主席寫了一封信，并賦詩一首：
善救物者無棄物，善救人者無棄人。
賴有東風勤著力，朽株也要綠成蔭。
毛主席逝世后，馮友蘭和全國人民一樣，沉浸在無比悲慟之中。那些日子，他茶飯不思，夜不能寐。回想起毛主席對自己的關心，他含淚寫下了一首挽詩：
神州悲痛極，億兆失尊親。
一手振中華，百年扶昆侖。
不忘春風教，長懷化雨恩。
猶有鴻文在，燦爛照征塵。
9月18日，首都各界群眾百萬人在北京天安門廣場為毛主席舉行隆重追悼大會。馮友蘭強忍悲痛為他崇敬的領袖和朋友毛主席，寫下了最后的一首詩：
紀念碑前眾如林，無音哀于動地音。
城樓華表依然在，不見當年帶路人。
黨的十一屆三中全會后，馮友蘭在北京大學三松堂書齋中，拖著病弱之軀，續寫著未完成的《中國哲學史新編》，最終于生前完成了這部長達140多萬字的巨著，兌現了建國伊始他對毛主席的承諾。
