毛澤東與習仲勛相識于20世紀30年代。那時，毛澤東把習仲勛從錯誤路線的屠刀下解救出來，并且在后來的工作中信任習仲勛，對他稱贊有加，屢屢委派習仲勛擔任重要領導職務。建國后，在習仲勛遭受康生等人陷害時，毛澤東也對習仲勛很關心。毛澤東逝世后，習仲勛十分悲痛?！睹珴蓶|選集》一直是習仲勛最愛讀的著作。
毛澤東一到陜北就提出停止捕人，救了習仲勛一條命
習仲勛在1926年5月就投身革命，在血與火的斗爭中，為中國革命事業的發展作出了重要貢獻，他自己也在斗爭實踐中成熟起來。到1934年，二十多歲的習仲勛已經是陜甘邊蘇維埃政府主席了。他同劉志丹等同志一起創建了陜北紅軍和革命根據地，是劉志丹的主要助手。但是，就在習仲勛協助劉志丹為鞏固、發展陜北革命根據地而努力奮斗時，卻橫遭“左”傾機會主義者的迫害。據習仲勛回憶：“我被關押了，起初在王家坪，后來押到瓦窯堡，和劉志丹一起關在一個舊當鋪里。‘左’傾機會主義路線的執行者搞法西斯審訊方式。……在莫須有的罪名下，許多人被迫害致死。”恰在此時，毛澤東率領中央紅軍到達吳起鎮。毛澤東剛剛住下，就聽說劉志丹、習仲勛等人被抓的消息，他立即提出：停止捕人。毛澤東還說：“我們剛剛到陜北，僅了解到一些情況，但我看到人民群眾的政治熱情很高，懂得許多革命道理，陜北紅軍的戰斗力很強，蘇維埃政權能鞏固地堅持下來，我相信創建這塊根據地的同志是黨的好干部。”1935年11月3日，中共中央政治局在甘泉縣下寺灣召開常委會議，聽取陜甘晉省委副書記和西北軍委主席聶洪鈞匯報工作。當他們匯報到“肅反”問題時，毛澤東立刻提出：“停止逮捕，停止審查，停止殺人，一切聽候中央解決。”接著，毛澤東派剛剛擔任國家保衛局長的王首道等帶一個工作組前往陜甘晉省委所在地瓦窯堡去調查。王首道臨行前，毛澤東專門找他談了一次話，叮囑說：“殺人不能像割韭菜那樣，韭菜割了還可以長出來，人頭落地就長不攏了。如果我們殺錯了人，殺了革命的同志，那就是犯罪的行為。大家切記這一點，要慎重處理。”毛澤東還告訴王首道，一定要向他們（指極“左”分子）講明白，這是中央政治局常委會的意見。為了使王首道的這次行動更有力量，毛澤東在征得中央其他主要領導同志意見后，臨時組成一個中央工作組，讓王首道任組長。王首道記住了毛澤東的話。他理解，毛澤東的話的真正意思就是，無論如何，也不能殺害劉志丹、習仲勛等人。王首道受命后，用最快的速度趕到瓦窯堡，傳達了中央政治局常委會議精神和毛澤東的指示，要求立即放人。王首道是中央派來的人，帶著一個中央工作組，向“左”傾機會主義者正式傳達的是中央政治局常委會的意見，他們不得不服從。于是，他們釋放了劉志丹、習仲勛等人。經過調查，強加在習仲勛等人頭上的“罪名”，完全不成立，是一種陷害。調查結果出來后，毛澤東果斷地給劉志丹、習仲勛等人平反。毛澤東率中央機關來到瓦窯堡后，第一件事，就是要見一見差一點兒被殺害的陜北根據地創建者們。毛澤東是在一個窯洞里見到習仲勛的。毛澤東和習仲勛一見面，就十分驚訝，說：“原來你這么年輕。”原來，毛澤東早就知道習仲勛這個名字。那是1935年毛澤東率領中央紅軍長征剛剛抵達陜北根據地時，在幾處村落墻壁和大樹上，看見了一些張貼時日已久的《陜甘邊蘇維埃政府布告》，上面署名“主席習仲勛”。從此，毛澤東便記住了習仲勛這個名字。當毛澤東知道習仲勛被極“左”分子當作“反革命分子”處理時，毛澤東當時就想：一個經過長期革命斗爭考驗，又有深厚群眾基礎的蘇維埃政府主席，怎么能夠是反革命？毛澤東及時發出“刀下留人”的指示，與他當時對習仲勛的這一認識有很大關系。這次又見了習仲勛，毛澤東更堅信自己的判斷沒有錯。【陜甘邊區蘇維埃政府舊址，匾額為習仲勛題寫?！?/span>毛澤東見習仲勛這一年，習仲勛剛剛23歲。雖然在被關押時，他倍受折磨，身體沒有完全恢復，但經過幾天的休息和醫治，顯得很精神。毛澤東和他談了許多話，從習仲勛的家世、經歷，一直談到他當前的工作。毛澤東對于習仲勛對革命事業的忠誠和很高的政策水平，考慮問題全面周到，頭腦清醒，辦事干練，印象很深。毛澤東鼓勵習仲勛今后要大膽為黨工作，黨中央是信任他的。經過生死大難，習仲勛經受住了重大考驗。1936年1月，組織上任命他擔任中共關中特委常委、蘇維埃政府副主席。當以毛澤東為核心的黨中央到達陜北后，一些人散布說：是陜北救了中央。這種說法，對陜北部分干部也有一定影響。陜北的少數老同志中也有一種議論：陜北救了中央。習仲勛堅決反對這種說法。他在不同場合嚴正指出：“這句話應該倒過來：中央救了陜北。”他說，“毛澤東和黨中央長征尚未到達陜北前，陜北根據地外受國民黨重兵，內遭‘左’傾路線的危害，許多優秀的黨員干部、知識分子和下級軍事指揮員被槍殺、被活埋。毛主席不到陜北，陜北根據地就完了；毛主席晚到4天，就沒有劉志丹和我們了；要不是毛主席‘刀下留人’，我早已不在人世。他們（‘左’傾機會主義者）已給劉志丹和我們挖好了活埋坑。”
在毛澤東的培養和鍛煉下，習仲勛的能力和才干達到了“爐火純青”的地步，得到毛澤東四次高度評價
習仲勛在被捕后的生死關頭，仍堅持真理，毫不屈服，這一點深受毛澤東賞識。黨中央、毛澤東對習仲勛不斷委以重任。1936年6月，按中央決定，習仲勛參加西征，擔任中共環縣縣委書記（那時陜北根據地的一個縣委書記，地位就是很高的了）。9月，習仲勛調回關中任中共特委書記、游擊隊政委。全面抗戰爆發后，任中共關中地委書記、專員公署專員、軍分區和關中警備區第一旅政委。1942年7月調任中共西北中央局黨校校長。1943年2月任中共綏德地委書記兼綏（德）米（脂）警備區和獨立第一旅政委。1945年6月當選為中共第七屆中央候補委員。同年7月任陜甘寧邊區集團軍政委，與司令員王世泰率部在淳化爺臺山地區反擊國民黨軍進犯。不久，經毛澤東提議，中央決定，習仲勛任中央組織部副部長。毛澤東、黨中央不斷調換習仲勛的職務，是有意培養習仲勛，想讓他在各方面工作中得到鍛煉。而習仲勛也沒有辜負毛澤東、黨中央對他的期望，經過血與火的考驗，經過做各種復雜的工作，習仲勛已經成為在黨政軍等各方面工作中都有豐富經驗的領導干部。毛澤東對習仲勛的進步看在眼里，并且給予很高評價，還一再在中央政治局中提議安排習仲勛更重要的領導職務，給習仲勛壓更重的擔子，培養鍛煉他。1945年，抗日戰爭勝利，在遴選西北局書記一職時，毛澤東在中央的會議上明確說：“我們要選擇一個年輕的擔任西北局書記，他就是習仲勛同志。他是群眾領袖，是一個從群眾中走出來的群眾領袖。”這一年，習仲勛剛剛33歲，就這樣，年輕的習仲勛于1945年10月擔任了中共中央西北局書記，兼任陜甘寧晉綏聯防軍政委。這在當時已經是獨當一面的重要領導干部了。習仲勛自從投身革命后，經受的是全面的鍛煉。在血與火的斗爭中，習仲勛在指揮軍事方面，也有很強的才能。他曾協助劉志丹在陜北軍事斗爭中，多次謀劃軍事方略，也曾擔任陜北革命根據地的領導職務。毛澤東對習仲勛這一點非?？粗?，他也有意讓習仲勛擔任大兵團的軍事領導職務，熟悉對大兵團作戰的指揮。解放戰爭開始不久，毛澤東就提議，讓習仲勛擔任野戰軍大兵團的領導職務。中央同意毛澤東的意見，不斷對習仲勛委以軍事方面的重任。從1947年起，習仲勛歷任陜甘寧野戰集團軍政委、西北野戰兵團副政委、西北人民解放軍野戰軍副政委。毛澤東轉戰陜北時，讓習仲勛協助彭德懷指揮在陜北的野戰軍。習仲勛也不負毛澤東所望，協助彭德懷，在十分艱難的情況下，帶領部隊指揮作戰，創造出一個又一個戰爭奇跡。青化砭、羊馬河、蟠龍戰役，三戰三捷。接著，習仲勛又參與指揮了隴東和三邊戰役。在此過程中，習仲勛指揮大兵團作戰的軍事才能得到了進一步提高和發揮。彭德懷對習仲勛的軍事才能評價很高。毛澤東也看到了習仲勛的軍事才干，決定在軍事上讓他得到更多的鍛煉。1947年7月，中央決定，習仲勛再次兼任陜甘寧晉綏聯防軍政委，與司令員賀龍統一領導西北地方武裝和后方工作。1949年2月起，習仲勛任西北軍區政委、中共中央西北局書記。中華人民共和國成立后，習仲勛任中央人民政府委員、人民革命軍事委員會委員，西北軍政委員會副主席、代主席。此時的習仲勛，已經是十分重要的中共中央西北局的主要領導人了。
【1949年2月，陜甘寧晉綏聯防軍區改稱西北軍區，賀龍任司令員，習仲勛任政治委員。】
1952年初，習仲勛任西北局書記和西北軍政委員會副主席，全面主持西北地區工作。一天，薄一波去毛澤東處，毛澤東正在閱讀習仲勛從西安發來的報告——《關于中共中央西北局委員會全體會議情況》。這個報告包括西北地區的土地改革、統一戰線和民族工作等等，內容豐富，論述精辟，為中央領導對幅員遼闊、民族眾多、社會復雜的大西北做好政治改革等各項工作提供出一個藍本。毛澤東閱讀后，對習仲勛十分贊賞，內心也十分高興。便對薄一波說：“你講講，習仲勛這個同志怎么樣？”薄一波脫口而出：“年輕有為。”原來，薄一波也十分贊賞習仲勛，而且，他在延安時就聽到毛澤東贊譽過習仲勛。但此時薄一波并不是順情說好話，而是實事求是也從內心佩服習仲勛。毛澤東望著薄一波，像是自言自語地說：“如今已經‘爐火純青’了。”“爐火純青”四個字，是毛澤東對習仲勛的很高評價。毛澤東說習仲勛“比諸葛亮還厲害”這個話，是在1952年。西北地區，幅員遼闊，民族眾多，漢、回、藏、維、蒙等十多個兄弟民族，共有2350萬多人。同時，那里政治復雜，經濟落后。習仲勛針對這種情況提出：一切工作都要在民族團結基礎上采取“穩進慎重”的方針進行。“爭取各民族上層人士，爭取宗教方面人士，然后去發動，不可顛倒過來。”這是習仲勛當時解決西北地區民族矛盾的基本方針。爭取青海省昂拉部落第十二代千戶項謙歸順，是習仲勛在西北地區解決眾多民族問題中的一個代表。項謙是當地少數民族的頭人，原來對新中國人民政府采取不合作的態度。習仲勛針對項謙做了許多爭取工作，終于使項謙放棄對人民政府的敵對態度，與人民政府合作。毛澤東得知這件事后，在一次見到習仲勛時說：“仲勛，你真厲害，諸葛亮七擒孟獲，你比諸葛亮還厲害。”
【1952年7月習仲勛關于解決項謙問題幾點意見的電報稿。】
習仲勛主政西北時期所表現出來的政策水平、工作能力和魄力，使毛澤東和黨中央更加賞識他。當中央決定調部分地方干部到中央來工作以加強中央的領導力量時，習仲勛是被考慮上調中央工作的重要人選，而且，要委他以重任。毛澤東設想調習仲勛來中央委他的重要職務是中央宣傳部長。他親自在中央做出此項提議，在中央得到通過。通過后，毛澤東還在當時在中央工作的理論水平較高的領導同志中宣傳習仲勛。一天，毛澤東見到林默涵和胡喬木，對他們說：告訴你們一個消息，馬上給你們派一位新部長來。習仲勛同志到你們宣傳部來當部長。他是一個政治家，這個人能實事求是，是一個活的馬克思主義者。1952年9月，習仲勛調任中共中央宣傳部部長兼政務院文化教育委員會副主任、黨組書記。當時，習仲勛38歲。以這個年齡主持中央一個十分重要部門的領導工作，在建國初期是不多的。習仲勛主持中宣部工作并主抓教育工作后，制定了“整頓提高、重點發展、提高質量、穩步前進”的16字方針，正確指導了建國初期的文教工作。
【1953年1月，習仲勛被任命為中華人民共和國憲法起草委員會委員。1954年3月23日，憲法起草委員會第一次會議在北京舉行。圖為委員們合影，前排左起：黃炎培、郭沫若、彭德懷、陳云、周恩來、宋慶齡、毛澤東、劉少奇、李濟深、張瀾、董必武、沈鈞儒、何香凝，后排右一為習仲勛?！?br style="margin: 0px 0px 0em; padding: 0px; outline: 0px; max-width: 100%; box-sizing: border-box !important; overflow-wrap: break-word !important;" />
在此基礎上，毛澤東提議讓習仲勛到政務院擔任重要領導職務。1953年9月，習仲勛任政務院（后為國務院）秘書長。1956年9月，當選為中共第八屆中央委員。1959年4月至1962年10月，任國務院副總理兼秘書長。習仲勛擔任政務院秘書長和國務院副總理兼秘書長期間，協助周恩來總理處理大量國家事務，使自己熟悉了中央工作，全面工作能力進一步提高。周恩來也對習仲勛十分信任和賞識，許多重大問題直接交給他處理。
康生借《劉志丹》小說誣陷習仲勛；在毛澤東講話時康生遞條子
在習仲勛努力協助周恩來總理處理黨政軍重大事務時，卻遭到了康生的陷害。在1943年“整風運動”中，康生搞“搶救運動”，大搞逼供信，把在白區工作的地下黨打成“紅旗黨”等。對此，習仲勛曾堅決地予以抵制。解放戰爭中，康生又在土改中推行“左”的路線，習仲勛再次以毛主席的正確路線予以抵制。在這兩件事上，習仲勛是光明磊落的，他按照實事求是的原則辦事，按照毛澤東的一貫思想辦事，從工作原則出發，有什么就說什么，而且實踐也證明，習仲勛的意見是正確的。但是，陰險的康生卻暗懷著對習仲勛的不滿，而習仲勛對此卻一點兒也不知道。劉志丹是土地革命戰爭時期陜北地區著名的革命領導人，也是習仲勛的老領導和老戰友，1936年4月，于紅軍東征作戰期間不幸犧牲。為了紀念劉志丹烈士，1936年5月，他的故鄉陜西保安縣改名為志丹縣。毛澤東對劉志丹評價很高。他曾為劉志丹題詞：“群眾領袖，民族英雄。”1956年，為了宣傳、紀念劉志丹，工人出版社約請作家李建彤寫一部記述劉志丹事跡的小說。李考慮到記述劉志丹的事跡必須真實可靠，分寸把握也應該更慎重些，便請當年擔任過陜甘邊蘇維埃政府主席、當時已經擔任國務院副總理兼秘書長的習仲勛審閱小說稿。習仲勛懷著對老領導老戰友的深厚感情，認真閱讀了書稿，之后，于1960年春兩次約請作者談自己對書稿的意見。由于書中提到高崗，而這個問題十分敏感，習仲勛對此十分注意，特別提出：書中有一處說到高崗，小說中還說當時高在一個問題上的主張是對的，這不妥，不要寫高崗。習仲勛提出意見后，作者又著手對作品進行修改，于1961年春寫出第四稿，1962年春寫出第五稿后，印出少量樣書，送給一些老同志征求意見。許多老同志對作品提出了一些修改意見。特別是，原陜北老干部、時任國家經委副主任的賈拓夫、李建彤的丈夫劉景范都對作品提了一些改進意見。作者考慮到這部書是宣傳革命烈士的，又涉及黨的歷史，應該由中宣部審閱，便把樣書也送給中宣部主管文藝的副部長周揚審閱。周揚認真看后認為，小說寫得很好，不但可以出版，還可拍成電影，宣傳劉志丹的事跡。有了這樣一些前提，作者才考慮先發表部分內容。1962年7月28日，《工人日報》開始連載《劉志丹》部分內容。《中國青年》《光明日報》也發表了作品的部分章節。僅僅發表作品的部分內容，已經在讀者中產生良好影響，許多讀者深為劉志丹的革命精神所感奮，提高了思想覺悟和工作熱情。但是，對發表小說《劉志丹》，也有不同意見。持不意見的人把意見報告給康生?？瞪婚_始也沒有在意，但當他聽說習仲勛曾看過小說稿后，立即關注起這件事來?？瞪静蝗タ催@部小說，而是盯上了習仲勛，想借此機會整習仲勛。康生收到持不意見的人的信后，如獲至寶，立即要中宣部通知各報刊不準刊發小說《劉志丹》?？瞪约阂舱f他根本沒有看過小說稿，但他卻武斷地說：“我一看小說就完全是為高崗翻案的。”8月26日，八屆十中全會預備會議在北京召開。此時，毛澤東的思路已經轉為重提階級斗爭。而恰在此時，彭德懷向中央遞交了長篇申訴書。毛澤東認為這是搞翻案活動，不能給他平反。9月6日、7日會議轉入批判彭德懷的所謂“翻案風”。9月8日，有人在西南組會上再次提出小說《劉志丹》問題，說在當前國內國外的氣候下，各路人馬都借機出動鬧“翻案”，小說《劉志丹》“是利用宣傳劉志丹來宣傳高崗”，是為高崗翻案?？瞪鷦t不失時機地說出了點睛之語：“現在的中心問題，為什么要在這個時候來宣傳高崗？”他們的發言在全會“總72號”簡報上登出，引起了爆炸性轟動，也為正在批判的“翻案風”提供了又一支靶子。康生陷害習仲勛的手段也是獨出心裁。本來，《劉志丹》已寫出第六稿，稿子中已經根本沒有提到高崗了?？墒?，康生知道第三稿中提過高崗，便下令工人出版社將已經被習仲勛否定的第三稿印三百本送中央會議審查。陰謀家的險惡，善意的人們是難以想象的。正如作者日后所說：“當初我還以為這種先定案，后求證的做法是出于誤會，沒想到竟是一個大陰謀。”在會上，康生竭力煽動對《劉志丹》進行批判，并且把矛頭指向習仲勛，他硬說小說《劉志丹》“是為高崗翻案”，“把劉志丹寫得比毛主席還高明，還先知”，“把陜甘寫成井岡山甚至高于井岡山”。他誣蔑習仲勛、賈拓夫、劉景范組成了“反黨集團”，小說《劉志丹》就是他們篡黨篡國的綱領。在康生的煽動下，會議在批判彭德懷的過程中對小說《劉志丹》也展開了批判。在批判中，把習仲勛、賈拓夫、劉景范打成了“反黨集團”?？瞪X得這樣還不夠，他把習仲勛單獨列出來，并且別有用心地把習仲勛和已經被中央批判的彭德懷、高崗列在一起，搞倒搞臭。于是，他借此事，說有一個“彭（德懷）、高（崗）、習（仲勛）反黨集團”“西北反黨集團”，還說：小說《劉志丹》就是他們的“反黨綱領”。此時，毛澤東把主要精力放在開好會上，沒有注意康生揪住習仲勛與小說《劉志丹》的關系問題?？煽瞪鷧s一直不放過習仲勛，他在會議上搞了這一套后，覺得應把這件事提到最高層，把習仲勛打倒。9月24日，八屆十中全會召開的第一天。正當毛澤東在會上講話時，一貫搞陰謀的康生，不經過中央領導集體，趁毛澤東把精力集中于講話稿之機，寫了一張紙條遞給毛澤東。條子上寫道：“利用小說進行反黨活動，是一大發明”。毛澤東在會上念了紙條。習仲勛的夫人齊心同志在回憶這段歷史時說：
1962年秋，康生在中共八屆十中全會上，對仲勛搞突然襲擊，誣陷仲勛勾結《劉志丹》小說作者李建彤，授意拋擲《劉志丹》小說為高崗翻案，說仲勛是掛帥人物，是大陰謀家，大野心家?？瞪€在全會中給毛主席寫了一個條子：“利用小說進行反黨，是一個大發明。”毛主席只不過是在大會上念了一下條子，康生就以此來作為毛主席語錄并廣為流傳。
毛澤東念了康生的條子后，康生趁機大造輿論。他在會上提議：彭德懷、習仲勛等五人不必再出席全會，國慶節也不上天安門。康生還建議中央成立專案組，審查這件事。在當時毛澤東重提階級斗爭、中央全會上也充滿強調階級斗爭的氛圍的情況下，康生的陷害得手了。中央決定接受康生的建議。9月27日，全會決定成立由康生負責的專案委員會，對習仲勛等人的問題進行審查。會后，還在黨內傳達了此案。
在習仲勛身陷逆境時，毛澤東保護了習仲勛
在審查期間，身為國務院副總理的習仲勛已經無法工作，實際上已經被停職。經過半年多的審查，1963年5月，康生主持下的審查小組寫了《對〈劉志丹〉一書的審查報告》，認為“小說夸大和歪曲了西北根據地的地位和作用，為高崗翻案，是‘習仲勛反黨集團’的綱領”。1966年5月，又制出一份審查報告，進而誣指寫《劉志丹》一書是“習仲勛反黨集團”蓄謀已久的。他們還先后給《劉志丹》一書羅織了四大罪狀：一、書中人物羅炎基本上是高崗，是為高崗翻案；二、劉志丹搞武裝斗爭，做農民工作，建立根據地，是剽竊毛澤東思想；三、書中把陜北寫得太好，是與中央蘇區分庭抗禮；四、小說中的人物許鐘就是習仲勛，是為習仲勛篡黨制造輿論。康生等人將審查報告報送中央政治局后，在中央政治局尚無定論時，康生卻進一步加大了陷害的力度和范圍。在下一步的專案審查過程中，康生利用手中之權借機大整一批黨政軍干部。他公開說：“打這本書，就是為打西北山頭。”為了打“西北山頭”，康生把西北五省大批省級干部陸續調到北京“學習”，要求他們提高認識。在“學習”中，許多人被誣陷為“習仲勛反黨集團”的成員。接著，康生對《工人日報》黨組、全國總工會黨組、中宣部進行追查，凡是表態支持發表小說《劉志丹》的，都挨了整。而康生陷害的主要目標仍然是習仲勛。在“黨的利益在第一位”面前，習仲勛違心地承擔了責任。1963年，習仲勛被隔離審查。按照康生給習仲勛定的“罪名”，習仲勛是“反黨集團”的頭子，是應該被開除黨籍和公職的。但毛澤東不這樣看，他心中一直對習仲勛存有好感。他沒有同意關于開除習仲勛黨籍和公職的意見，而是保了習仲勛。這樣，習仲勛保留了黨籍和公職。而且，在毛澤東關照下，組織上安排他在中央黨校（獨居在“西宮所”）學習。這里安靜一些，學習、生活條件都很好。毛澤東的打算是，過了這個風頭，再讓習仲勛出來工作。被隔離的習仲勛并沒有消沉。他要利用自己獨居，環境清靜的條件，認真讀書。他讀的，主要是馬列、毛主席著作，他把這當作自覺改造世界觀的方法之一。同時，他也讀了許多經濟、文化方面的書籍。習仲勛借此機會又進一步提高了自己的馬列主義理論素養。但是，康生陷害習仲勛的“力度”是很大的。他在羅織了不少材料后上報中央，意圖是置習仲勛于死地。在這種情況下，毛澤東又一次保了習仲勛。中央的決定沒有采納康生等人的“重處理”意見，而是決定在撤銷習仲勛的國務院副總理職務后，仍然保留黨籍，還讓他到基層去擔任領導職務。1965年，習仲勛下放到洛陽礦山機器廠當副廠長。康生是習仲勛所謂“反黨集團”案中央專案組的負責人。在康生主持下，對習仲勛的審查沒完沒了。康生一直揪住習仲勛不放，長期審下去。直到“文化大革命”爆發，專案審查尚未結束。在“文化大革命”運動中，已經被定為“反黨集團”頭子的習仲勛的處境就更不好了。“文革”開始時，習仲勛已經在洛陽礦山機器廠工作。雖然習仲勛已經遠離北京，但康生并沒有放過他，而是鼓動北京的紅衛兵串連西安的紅衛兵、河南省以及洛陽市的紅衛兵去洛陽機器廠揪斗習仲勛。之后，又把習仲勛拉到西安揪斗。在習仲勛處境困難時，毛澤東一直惦記著他。毛澤東一直想著習仲勛的功勞，記著他的才干。而周恩來則對于曾是自己得力助手的習仲勛更加關心。當周恩來向他提到習仲勛的處境和保護習仲勛的意見時，毛澤東表態同意。在這種情況下，周總理讓身邊工作人員打電話，制止造反派和紅衛兵無休止地揪斗習仲勛，還說，毛主席說過，習仲勛是群眾領袖，不再批斗他，才是執行毛主席愛護干部的政策。此時，由于長期被揪斗，習仲勛的身體已有些支撐不住了。如果不是毛澤東和周恩來及時地保護他，他很可能在被批斗中生命不保。習仲勛得知此事后，內心十分感動。1967年4月5日，他寫信給周恩來說：“我的反面作用起完了，現在只是陪人挨斗了。”周恩來接到這封信后，報毛澤東同意，于1968年1月3日對習仲勛采取特殊保護方式，用飛機將習仲勛從西安接回北京，交給衛戍區監護。這實際上是把習仲勛保護起來。從此，習仲勛的處境改善了許多，至少不會再受到揪斗了。他在這一段時間還是比較安定的。他利用這種安定的條件抓緊時間讀書，進一步積累了知識，提高自己的馬列主義理論水平，身體狀況也逐漸好了起來。1972年冬，習仲勛的夫人齊心和孩子們商量，決定給周恩來寫信，要求見習仲勛。在周恩來的關懷和安排下，習仲勛的家屬終于見到了習仲勛。由于多年的分離，習仲勛和子女見面時竟然分不清他的孩子哪個是橋橋和安安，更認不得已經長成小伙子的兒子們。在臨回干校前，齊心又要求見了習仲勛一次，并借此機會將他穿破的舊衣服全部更換了一下。從那以后，習仲勛和家屬每年都有團聚的機會了。1975年春，在毛澤東、周恩來的關懷下，習仲勛被解除監護，但他的所謂“反黨問題”仍然沒有結論。于是，習仲勛仍然按“文革”前的組織處理決定，被下放到洛陽。這次，在毛澤東、周恩來的關心下，組織上決定派習仲勛的夫人跟他一同去洛陽，同時，為了習仲勛的安全，還讓河南省公安廳來兩位同志把他們接去。這次來洛陽，習仲勛被安置在耐火廠的宿舍區的兩間房子里，夫婦在這里度過了三年的時光。1976年，毛澤東逝世，遠在洛陽的習仲勛從收音機里聽到這個消息時，心中萬分悲痛。他在感念中國共產黨因為有了毛澤東才從勝利走向勝利，社會主義建設才取得了輝煌成績的同時，也感念自己在毛澤東思想的哺育下，在毛澤東的培養下，才能為黨和人民做了許多工作。習仲勛心中非常清楚，毛澤東對自己一直是有好感的，陷害自己的是康生等人。他為中國失去毛澤東這位偉大領袖而悲痛。“文化大革命”結束后，習仲勛的問題也逐步得到解決。1978年2月22日，習仲勛作為全國政協特邀委員出席了五屆全國政協會議，當年4月，習仲勛便正式恢復工作。黨的十一屆三中全會后，為習仲勛平反的事情，也提到了中央的日程。1979年7月14日，中央組織部向中央遞交《關于為小說〈劉志丹〉平反的報告》。報告指出：《劉志丹》（送審樣書）不是反黨小說，而是一部比較好地歌頌老一輩無產階級革命家、描寫革命斗爭歷史的小說；《劉志丹》小說的創作過程是正常的，沒有什么陰謀，沒有根據說習仲勛等在此書創作過程中結成“秘密反黨集團”；習仲勛等同志關心這部小說的創作，對如何修改好這部小說發表過意見，是完全正當的，根本談不上是什么反黨陰謀集團活動；從案件前后經過看，所謂利用寫《劉志丹》小說進行反黨活動一案，是康生制造的一起大冤案；“文化大革命”中，康生伙同林彪、“四人幫”更變本加厲，搞出一起株連甚廣的現代文字獄，為此，凡因小說《劉志丹》案受到迫害、誣陷和株連的一切人員，都應恢復名譽，給予平反。1979年8月4日，中共中央批轉了中組部關于為小說《劉志丹》平反的報告——中發［1979］53號文件。習仲勛的冤案得到徹底平反。習仲勛復出后，曾先后擔任廣東省委第二書記、第一書記，中央書記處書記，全國人大副委員長等領導職務。在工作中習仲勛總是講毛澤東的偉大功績，講要堅持用毛澤東思想指導工作，而《毛澤東選集》一直是習仲勛最愛讀的書。直到晚年，他仍然經常讀毛澤東的著作。
